南京大学的中华民国史研究起步于1974年，是最早涉足该领域的学术单位之一。1983年南京大学历史研究所设立中华民国史研究室，利用特殊的地缘与档案资料优势，着力推进学术研究。研究室主任张宪文主编的《中华民国史纲》于1985年出版，在海内外引起强烈反响。为进一步推动民国史研究的发展，加强学术交流，在中央党史研究室原副主任、著名历史学家李新研究员的倡议下，南京大学中华民国史研究中心(以下简称"民国史中心")于1993年6月18日正式成立。2000年9月，民国史中心被教育部评为首批人文科学重点研究基地。二十多年来，民国史中心在学术研究与交流、人才培养等方面取得了很大的成绩，已成为海内外具有广泛影响的学术研究基地。

自成立以来，民国史中心便具备了独立、高效的组织架构。中心设有主任一人，历来由享誉海内外的民国史学科“带头人”担任，设有副主任、主任助理若干名，切实负责起了中心日常的运行事务。在硬件方面，中心拥有独立的教研室、会议室、资料室等活动空间，并为每位中心老师配备了单独的办公室及相应的硬件设施；在教学方面，中心与南京大学历史学院展开了广泛的合作，为南大本科生、研究生开设了多门有关中国近现代史学科的精品课程，并常年邀请史学名家开设讲座，中心教职人员也积极走向其他高校、科研机构，乃至中小学课堂，开展了丰富多彩的讲学活动；在研究方面，自成立以来，中心研究人员便本着“为天地立心,为生民立命, 为往圣继绝学,为万世开太平”的决心，努力开拓中国近现代史，特别是民国史领域的研究，取得了丰硕的成果。中心下设中国近现代政治史、经济史、社会史、文化史、区域史、计量史学等多个研究方向，既有对传统史学之继承，又有对新史学领域之探索。

    新世纪以来，中心取得了辉煌的学术成就。如十年磨一剑、备受瞩目的《南京大屠杀史料集》于2005-2010年由江苏人民出版社陆续出版。该史料集共72卷，共约4000万字，对日本右翼学者提出的“南京大屠杀虚构论”在史实上进行了有力的驳斥。对此，日本外务省和防卫省也不得不承认，“根据截至目前公开的文献等进行综合判断”，“不能否认日军进入南京后，对城内非战斗人员进行的杀害或掠夺行为”；2015年4月，由南京大学荣誉资深教授、中华民国史研究中心荣誉主任张宪文先生和台北中研院院士张玉法先生联合牵头，组织两岸四地70多位知名学者联袂打造的《中华民国专题史》十八卷由南京大学出版社出版；同年，民国史中心还推出了25卷本的《日本侵华图志》，由山东画报出版社出版。中心主要刊物《民国研究》已创刊20多年，在国内外民国史研究专家学者的关注与支持下，产生了良好的社会影响与学术效应，常年被评为CSSCI来源集刊。